オランダの診断会社Inbiome、細菌感染症検査プラットフォームの立ち上げ準備を整える

ニューヨーク – オランダの診断会社Inbiomeは、細菌感染症を診断するための新しいPCRベースの分子プラットフォームを立ち上げており、これは従来の培養の代わりに使用できるとしているが、時間とコストの点では配列決定などの新しい方法や他のPCR検査に匹敵するという。範囲の。

同社は最近、欧州イノベーション評議会から570万ユーロ（610万ドル）相当の助成金を受け取り、来年早ければ米国への参入も視野に入れながら、プラットフォームのさらなる臨床検証を計画している。

インバイオームの最高経営責任者（CEO）ドリース・バディング氏は、同社の技術について「これは通常の文化と同じように広い範囲を持つ分子技術だ」と語った。 「細菌感染症は何千もの異なる細菌種によって引き起こされる可能性があるため、私たちはオープンなアプローチで分子技術を構築しました」と彼は言いました。 「サンプルを入れると、そこにどんな細菌がいるのかがわかります。」

Inbiome のプラットフォームを支えるテクノロジーは、10 年以上前にアムステルダムの VU メディカル センターで初めて開発されました。 これはリボソーム DNA をターゲットとする PCR に依存していますが、サンプル中に存在する細菌を調査するために次世代シークエンシングを使用して通常行われている 16S リボソーム RNA をターゲットとする代わりに、Inbiome のアプローチは内部転写スペーサー領域をターゲットとしています。 スペーサー領域の長さは可変であり、Inbiome はこれらの長さをさまざまな種に適合させることができるリソースを構築しました。 また、比色測定値にも依存しているため、同じサンプル内の複数の種を検出できます。 すべてのデータは同社のデータベースの値と関連付けられており、サンプル中に存在する細菌とその存在量を報告できることを意味します。

「私たちは、臨床ルーチンに実装できる簡単なことをやりたかったのです」とバディング氏は述べました。 「長さを測定することは、シーケンスを測定したり、実際にシーケンスを実行したりするよりもはるかに簡単です。」

バディング氏によると、分子培養検査を実行するには、感染が疑われる人のサンプルが研究室に届けられ、そこで日常的な DNA 抽出が行われ、続いて PCR 反応が行われます。 スペーサー領域の長さは、電気泳動を使用して測定されます。 データはクラウドに送られ、そこで Inbiome のソフトウェアを使用して分析されます。 サンプルから回答までのプロセス全体には 4 時間かかると彼は言いました。 分析には約 150 ユーロの費用がかかります。

成熟に達する

同社のテクノロジーは 10 年以上にわたって存在し、磨かれてきました。 IS Diagnosticsという会社がこの技術を商業化するために2012年に初めて設立され、バディング氏はその会社のCEOを務めたが、このベンチャーは後に解散され、2019年にInbiomeとして再構成された。

「私たちは、この技術が実際に市場に投入できる成熟レベルに達したと判断し、その時点で Inbiome を設立しました」と Budding 氏は述べています。 同社はまた、同年シード資金を調達し、アムステルダム サイエンス パークに独自の研究所を建設し、6 人からなる中核チームでスタートし、その後約 27 人のスタッフからなるチームにまで膨れ上がりました。

新型コロナウイルス感染症のパンデミックが発生したとき、Inbiome は 2020 年の立ち上げに向けてプラットフォームを準備し、初期パートナー向けにいくつかの受託調査を行っていました。 Inbiome にとって臨床研究の実施はほぼ不可能だったが、PCR の専門知識とリソースを備えた他の多くの診断会社と同様に、同社はすぐに SARS-CoV-2 検査の実施に向けて態勢を立て直した。 「とてもクレイジーで忙しい時期でした」とバディングさんは振り返る。 「しかし、それは私たちを続けるのに十分な収益を生み出しました。」

新たなEIC賞も同社の活動を支援することになる。 Budding 氏によると、EIC プロジェクトには 250 万ユーロの先行投資が含まれ、予算の残り 570 万ユーロは資本として提供されます。 これは、病院環境での分子培養プラットフォームの実装試験、病院のワークフロー向けの分子培養インターフェイスの最適化、他のサンプルタイプでのプラットフォームの使用の検証、アッセイへの抗菌耐性試験の導入など、さまざまな活動をサポートします。会社の商業範囲を拡大します。 目的としては、販売とマーケティングに専念する人材をより多く雇用することを意味します。

試験の一環として、Inbiome は病院からのすべてのサンプルを通常の微生物学研究室で標準培養し、通常の研究室の横に設置する小さな研究室で分子培養を並行して実行します。 すべての結果は同日に出力されるため、会社とそのパートナーはその影響を観察できます。

「私たちは、これが現実であり、文化から前進する時期が来たことを世界に納得させることができればと思っています」とバディング氏はこのプロジェクトについて語った。

Budding 氏によると、Inbiome のプラットフォームは、関節吸引液、脳脊髄液、胸膜点状、生検、膿など、通常は無菌の部位からのサンプルに使用するための CE-IVD 証明書をすでに取得しています。 同社は現在、特定の用途向けにプラットフォームを臨床的に導入する一部の顧客向けにプラットフォームを立ち上げており、最初の用途は関節吸引向けとなる。

今月、Inbiome、VU Amsterdam、マーストリヒト大学医療センターの科学者らは、骨や関節の感染症を診断するための検査の使用について論じた研究をJournal of Clinical Microbiologyに発表した。 その中で著者らは、関節感染が疑われる患者の体液サンプルを分析し、検査結果を従来の培養法と比較し、両方の方法で90％以上の一致があることを発見した。 このテストでは83個の余分な細菌も検出されたと著者らは指摘し、Inbiomeのテストは「迅速な診断にとって優れた性能」を示したと結論付けた。

骨や関節の感染症のアッセイは、BioFire Joint Infection パネルを備えた BioMérieux など、他の企業もターゲットにしています。 フローニンゲン大学医療センターの科学者らは、先月デンマークのコペンハーゲンで開催された会議で、BioFire FilmArray 2.0およびBioFire Toracシステムで実行されるBioFire PCRベースのアッセイの研究について議論した。 この検査は所要時間約 1 時間で、すでに米国食品医薬品局の認可を取得しており、CE-IVD マークを取得しています。 ただし、これは 31 種類の病原体と 8 種類の抗菌薬耐性遺伝子を含む、対象を絞ったパネルです。

また、カリフォルニア州サンタクルーズに本拠を置くPathogenomix社は、標的を絞った配列決定ベースのアッセイであるPatho-Seqを提供しており、敗血症、菌血症、関節およびインプラント感染症、細菌性髄膜炎、ダニの診断に役立つ400種類の細菌性病原体を検査できると同社は述べている。 -患者の細菌感染症。 FDAは昨年、Patho-Seqの画期的なデバイスの指定を認めた。

文化を完全に置き換えるのではなく、分子アプローチの特定の応用に焦点を当てるこの傾向は、19 世紀から使用され、1970 年代から自動プラットフォームを介して利用できるアプローチを放棄することを臨床医が躊躇していることを反映しています。

「私たちはまず病院にアプローチして、すべてを交換できると言いましたが、うまくいかず、売れませんでした」とバディング氏は述べた。 「それが私たちに申請ベースでの取り組みを奨励しました。」

関節感染症は人工関節を持つ人々の間で問題が増加しており、培養を使用して結果が得られるまでに数週間かかる場合があります。 これにより、広範囲の抗生物質が処方されたり、感染症を除去するための手術が必要になったりすることもあります。 ここに、バディング氏は分子文化のチャンスがあると考えています。

同氏は、「同じ結果をより迅速に、より高い感度で4時間以内に得ることができ、手術数を半分に削減できる可能性がある」と述べた。

他のアプリケーションでのプラットフォームの採用を求めるこのような訴えは他にもあるでしょう。 Budding 氏によると、Inbiome とその学術パートナーは、他の種類のサンプルでの Molecular Culture の使用を紹介する一連の出版物を計画しており、その後、同社はこのアッセイをより幅広い顧客に展開する予定です。 同氏は、米国の顧客にリーチするにはFDAの認可が必要であることを認め、同社は2024年に認可を取得したいと考えている。

マーストリヒトUMCの医学分子生物学者クリスチャン・フォン・ウィンタースドルフ氏は、同部門が微生物組成や病原体の検出に焦点を当てたいくつかの研究プロジェクトでInbiomeのプラットフォームを使用していると述べた。 von Wintersdorff 氏によると、Inbiome の技術には、次世代シーケンシングや他の PCR ベースのアプローチと比較していくつかの利点があります。

シーケンスの場合、利点は時間に関連します。 Molecular Culture は、16S rRNA シーケンスと同様の方法で「生存不能または培養困難な微生物」を検出できます。 しかし、配列決定には「より複雑なワークフロー」があり、バイオインフォマティクスの負荷がより高いと同氏は述べた。 Molecular Culture の所要時間は 4 時間であり、インフォマティクス要件が軽減されているため、シーケンシングよりも高速であり、「診断に使用する大きな機会が生まれます」と同氏は述べています。

Von Wintersdorff氏はまた、分子培養プラットフォームを病原体特異的PCR検査と比較した。 ここでの利点は、この技術が真正細菌的であり、対象となる種だけをカバーしないことです。 したがって、分子培養を使用すると、どの細菌が感染を引き起こしている可能性があるかについてより多くの情報が得られます。

「伝統的な真正細菌の16S rRNA PCRとそれに続く古典的なサンガー配列決定は、安価で潜在的に迅速ではあるが、残念ながら、複数の微生物感染を特徴付けるのには適切ではなく、不十分な識別力に悩まされる可能性がある」とvon Wintersdorff氏は述べた。

マーストリヒトUMCの医療微生物部門の責任者であり、Inbiomeの科学顧問でもあるPaul Savelkoul氏は電子メールで、このプラットフォームは細菌感染症に対する「分子診断における総合的アプローチ」の一例であると述べた。

同氏は、Inbiome テストには、すべての臨床サンプルが最適に処理されることを保証するための陽性対照と陰性対照が含まれていると述べました。 また、報告されるデータの量は多いものの、ファイルの量はそれほど多くないため、実装が容易になったと同氏は述べ、学生にプラットフォームの使い方を 1 週間で訓練することができたと付け加えた。

ただし、他のサンプルでこのプラットフォームの利点を実証するには、さらなる研究が必要であると彼は強調した。 ただし、一度納得すれば、研究室は分子培養を簡単に採用できるはずです。 このプラットフォームは「ほとんどの分子診断研究室での分子の作業方法に適合しており、統合はそれほど複雑ではない」とサヴェルクール氏は述べた。